Stefan Merkl studierte Schulmusik mit dem Hauptfach Klavier an der Musikhochschule in Freiburg, Komposition und Arranging an der University of Rochester in New York, u.a. bei Bill Dobbins und Fred Sturm.
Er arbeitete u.a. mit Helge Sunde und Geir Lysne, der NDR Big Band und dem Norwegian Wind Ensemble. Zudem ist Stefan Merkl Leiter des Contemporary Big Band Projects und Organisator der jährlich stattfindenden Jazzbegegnung der Schulen in Breisach i. Br. für das Kultusministerium Baden-Württemberg.
Als Koordinator des Musikgymnasiums Trossingen steht er an der Schnittstelle von Schule, Musikhochschule und den Musikschulen der Region.
Er unterrichtet Arrangement und Komposition an der Popakademie Baden-Württemberg.